用于生物反应器之微生物是由大阪府立公众卫生研究所的杉浦涉主任研究员发现的Bacillus属菌种菌体，Bacillus菌会分解偶氮染料，将此微生物所产生的偶氮染料进行分解的酵素足在菌体内所制造。 反应是将属於发色团的偶氮基进行分解还原，变换成胺化合物。在反应时，补酵素NADH需要NADPH，但因Bacillus菌存在於体内，所以不需要固定在生物反应器中。此种Bacillus菌成长的范围相当广泛，无论是喜氧性或是厌氧性都可见踪迹。此种微生物的特点是生成颜色的分解酵素之营养源含有机成分，在无氧状态之压氧性环境中会产生活络的代谢反应，在菌体外生成脱色酵素。将此微生物固定在流动床用多孔质载体上，进行连续脱色实验。
使用的流动床用载体是将含有碳的聚乙烯的连续气泡发泡体切成1公分方块，当一投入喜氧的生物反应器槽内时，4~5天就会开始流动。流动床用载体中的Bacillus菌的菌数的108个/me以上，经常超过溶液中的Bacillus菌的菌数，由此可知Bacillus菌好好地载附在载体上。
著色度是利用稀释法，使用30cm透视度计，以蒸馏水持续不断地稀释废排水，然后和加入透视度计之蒸馏水进行著色之比较，并将看不到著色的稀释倍率当做测定值。
原水的著色度之差类很大，高达280~900。原水之著色度的变化因采集时间有很大的变化，当原水槽的水位下降时，要能够自动补充。因此，未进行平均的染色废排水之采集，原水的分析值和实际处理的原水含有落差之可能性。为此，要研讨平均原水的采集方法。
